Các tác phẩm chính của ông:

• Cao Bằng thực lục
• Lịch triều đăng khoa lục

Ngoài ra ông có nhuận sắc: Càn nguyên thi tập của Trinh Doanh và có đề tựa Phan thị gia phả. Anh ruột ông là Thị giảng học sĩ Phan Nhã Thận cũng là người có danh tiếng đương thời.

Cao Bằng thực lục (3 quyển) do ông biên soạn, gồm:

• Quyển I: chép sự tích nhà Mạc ở Cao Bằng lúc suy tàn.
• Quyển II: Chép về núi sông và thần thiêng ở Cao Bằng.
• Quyển III: Chép về sản vật, phong tục Cao Bằng.

Ngoài ra ông còn biên tập cuốn: Càn Nguyên thi tập (4 quyển) là thơ của Án Vương Trịnh Doanh.